Главные герои аниме "Черный клевер" живут в мире где волшебство привычное дело. Все жители этого мира обладают хоть маленькими, но магическими способностями, а многие вообще настоящие волшебники. При одной маленькой церкви с давних лет существует приют для детей оставшихся сиротами. В этом мире не принято бросать детей в несчастье. Здесь они не только живут, но и учатся, а также развивают свои магические способности. Главные герои тоже воспитанники приюта и они кардинально отличаются друг от друга. Именно по этой причине между ними идет соперничество. Юно очень одаренный мальчик, ему удается очень легко справляться с заданиями по магии. А вот у Астера почти нет магических способностей, для него все задания учителей представляют огромную проблему. Когда воспитанникам приюта исполняется пятнадцать лет, все они получают гримуары, которые усиливают магические способности. Юно невероятно гордится получением помощника, а вот для Астера это самый несчастливый день, ведь он единственный кому такого помощника не дали.

Подросток очень переживает, ему горько что он такой неумёха и так отличается от всех остальных ребят. Но судьба решает сделать ему царский подарок, он становится обладателем самого могущественного помощника - пятилистного клевера. Все знают что такой листик способен сделать своего обладателя самым могущественным волшебником. Что же теперь ждет нашего героя, какие приключения ему придется пережить и чем он расплатится за такой подарок?